在一个晚上，白银武在泡温泉时睡着了，一觉醒来后居然回到了2001年10月22日的自家卧室，而窗外却是一片陌生的景象：荒芜的大地、破败的房屋、巨大的机器人残骸……这已经不再是他所熟知的世界。在这个世界，来源不明的外星“生物”BETA（The Beings of the Extra Terrestrial origin which is Adversary of human race）已经蹂躏了地球数十年，人类行将灭亡。自己所就读的白陵大学附属柊学园变成了军事基地，熟悉的老师和同学成为了为联合国军作战的战士，在这样残酷的世界，原来那个普通中学生能够生存下来吗？

在前作《Muv-Luv》的结局中，白银武无论做出什么选择，最终的结局也仅仅是改变了攻略成功哪一个女生罢了。Alternative IV计划最终失败，Alternative V计划启动。数十万人类乘坐太空船逃离地球，在采用G弹大面积轰炸地球（美其名曰消灭BETA)后，把剩下的人类扔在地球上等死。

白银武醒来后，再次发现自己回到了2001年10月22日的自家卧室。白银武最初以为一切关于Unlimited篇的内容都只是自己的噩梦，然而事实证明他错了。窗外依然是荒芜的大地、破败的房屋、巨大的机器人残骸……但是这一次，白银武决心一定要改变这一切。

本作将前作中埋下的伏笔全部回收：为什么白银武会穿越到平行宇宙？BETA到底是什么？纯夏去哪里了？人类和地球还有救吗？

本作是该公司于2003年所推出的作品Muv-Luv（マブラヴ）的续篇。

“Muv-Luv”整部作品主体共分为三个篇章，分别是EXTRA、UNLIMITED和ALTERNATIVE；由于游戏制作上的时间问题，âge决定先发售包含EXTRA&UNLIMITED的Muv-Luv，而第三部分ALTERNATIVE（即本作Alternative）则于日后制作完成再行推出。

而本作品的故事舞台一如âge的不成文惯例设定在柊町，这也使得本作和âge首部作品《你所在的季节（君がいた季節）》和成名作《你所期望的永远（君が望む永遠）》处于同一时空，而彼此有联系。

2001 年10月22日，身为普通高中生的男主角・白银武一觉醒来，发现自己进入了一个平行世界。在这个平行世界里，地球人数十年来都与带有敌意的外星生命体“BETA”苦战着；而他就置身于因此而荒废的柊町（主角家乡，位于日本横滨）。在这个一切都改变了的世界重新出发的武加入了联合国军，并参与了对抗BETA的最后手段，拯救人类的“ALTERNATIVE4” 计划。为此他成为联合国军卫士（巨大人型兵器“战术机”的驾驶员）并和伙伴们一起努力。但到了12月24日，人类放弃了最后的奋斗而启动了放弃地球的“ALTERNATIVE5” 计划。（到此为止是前作“Muv-Luv”UNLIMITED篇的剧情）

而在此三年后，睡醒时发现再次置身于自家卧室的武，以为自己已经回到“原来的世界”，然而户外的景象却和三年前相同。日历上的日期是2001年10 月22日。武发现自己经过时间跳跃又一次来到了充满战乱的平行世界，而在此，他决定以唯一知道这个世界的未来的人类的身分，为了完成“ALTERNATIVE4”计划而再次敲开联合国军横滨基地的大门。再次被编入207实验部队的武，带着3年之间的军事经验和未来的记忆，以及不输给伙伴们的觉悟，再次迎向挑战。

时间只剩下两个月左右。究竟武是否能达到目的，人类又是否能战胜BETA呢……？